Az EKÁER rendszer nem titkolt célja az áfacsalások megelőzése, leleplezése. Sokszor előfordul azonban az is, hogy az EKÁER rendszer a vállalkozások segítségére lehet egy-egy ügylet áfaminősítésének ellenőrzésében. Hiszen a legtöbbször akkor ütköznek a cégek nehézségekbe az EKÁER regisztráció során, ha a tranzakciót helytelenül értékelték áfa szempontból, vagy ha az olyan speciális eset, amely gondosabb elemzést igényel. Ha tehát nem sikerül az EKÁER rendszerben regisztrálni, akkor ez egy tévedés indikátora is lehet, és az ügylet átgondolásával megelőzhetjük, hogy később – akár az utakon, akár egy ellenőrzés során adóhiányt állapítsanak meg cégünknél. A különleges eseteket pedig - amikor tényleg másképp kell kezelni ügyletet áfa szempontból, mint az EKÁER rendszerben - mindenképpen érdemes még egyszer górcső alá vonni.